La historia de Pokémon esmeralda inicia como pokémon Rubi/Zafiro. El juego comienza con el protagonista de trasladarse a la ciudad de Litleroot Town, donde luego de salvar al Profesor Birch será recompensado para comenzar su gran viaje. En esta versión de pokémon a diferencia de Safiro/Esmeralda usted podrá capturar los tres pokemones legendarios: Groudon, Kyogre y Rayquaza, además de poder elegir entre Latios y Latias.
A diferencia de Rubí y Zafiro, Esmeralda se enfrentará a los dos equipos, mientras que el Equipo Magma tratará de aumentar los continentes y montañas con la fuerza de Groudon , el Equipo Aqua tratará de ampliar los mares y océanos que utilizan los poderes de Kyogre . Su objetivo es detener estas amenazas antes de que sea demasiado tarde para el continente e incluso para el planeta Pokémon.
Los cambios más llamativos de esta versión Pokémon.
Los Gráficos Pokémon de Esmeralda han cambiado en algunos aspectos en comparación con el Rubí y Zafiro. La ropa de los protagonistas son de color verde, no rojo, pero. Lo que llama más la atención en esta versión es que trae muchas características nuevas a la tercera generación, algunas de las noticias que más destaca son los Pokémon que se mueven al entrar en una batalla. Esta versión fue la que tuvo varias innovaciones.
En Pokémon Esmeralda existen también una serie de nuevos sitios exclusivos, entre los cuales los más famosos son la parte nueva de la Zona Safari que poseen Pokémon exclusivos de Johto, o Trainer Hill, a Mirage Tower, la misteriosa isla lejana, las Islas Navel Rock and Birth Island y el nuevo Battle Frontier. Estos nuevos lugares que la mayoría sólo están disponibles después de vencer a la élite cuatro con los ítems especiales.
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